Il documento più antico e attestante per la prima volta il territorio del Maro, e quindi pure l'attuale Borgomaro, è datato al 20 maggio 1150 con il quale il vescovo di Albenga Odoardo concesse la riscossione delle decime ecclesiastiche dei borghi della valle (tra questi pure i centri borgomaresi di Maro Castello e Conio) da parte dei conti di Ventimiglia Filippo e Raimondo. Questi ultimi lasciarono successivamente i loro beni - comprensivi pure dei territori feudali del Maro - al loro fratello Ottone che proprio sulla sommità di Maro Castello edificò un castello portandovi la sua residenza ufficiale elargendo, in qualità di unico Signore del Maro, privilegi e immunità come da atto del 15 luglio 1152.

Nonostante l'espansione delle terre verso la valle di Oneglia negli ultimi anni del XII secolo effettuata tra accordi e alleanze dal conte Ottone di Ventimiglia, gli storici identificano il figlio di quest'ultimo, Enrico, come primo fondatore dal XIII secolo del ramo nobiliare dei Ventimiglia del Maro avente come giurisdizione territoriale le contee del Maro e Oneglia, di Pietralata Superiore e Inferiore, della valle Arroscia, di Andora, di Rezzo e di Nasino. Alla morte di Enrico (1226) il grande feudo ponentino passò ai tre figli Filippo, Ottone e Guido e un documento di pace del 1227 cita espressamente, tra i possedimenti, anche il territorio di Borgomaro.

Con l'espansione di Genova nelle terre di ponente il feudo del Maro si assoggettava ad essa a partire dagli anni trenta del Duecento con gli stessi conti di Ventimiglia che mantennero l'investitura feudale. Risale al 9 giugno 1251 l'atto ufficiale di fedeltà delle comunità di Borgomaro e di Prelà, e dei conti ventimigliesi Raimondo e Filippo, alla Repubblica di Genova. I diritti sul feudo del Maro furono quindi acquistati per millecento lire dal conte Enrico, figlio di Filippo, che nelle sue nuove terre vide l'assalto perpetrato da Carlo d'Angiò nel 1270 e che solo nel 1273 riuscì a scacciare grazie all'aiuto prestato da Genova. Alla sua morte, nel 1311, il territorio passò nelle mani dei figli Guglielmo e Nicola proseguendo la discendenza dei Ventimiglia del Maro per tutto il XIV e XV secolo.

Fu il conte Gaspare a cedere tutto il territorio del Maro per la somma di 8.600 lire genovesi ai conti Lascaris di Tenda con atto datato a Tenda il 9 maggio 1455: Onorato I divenne quindi nuovo signore del Maro. Il feudo di Borgomaro passò poi alla figlia Anna Lascaris e quindi al primogenito Claudio nel 1511 che per la giovane età fu affiancato dall'uomo d'armi Alessandro Sorlium e dal capitano Guiraldo Salomone; solamente il 19 giugno 1554 il Signore di Borgomaro Claudio Lascaris, deceduta la madre Anna, venne riconosciuto del titolo dalle comunità del Maro. Dopo vari passaggi di proprietà i feudi di Borgomaro e Prelà passarono nelle mani del figlio Onorato Lascaris (1562) e poi alla sorella Renata (1572). Dissidi tra familiari e scontri portarono la contessa e signora Renata a cedere le proprietà del Maro il 16 novembre 1575 al duca Emanuele Filiberto I di Savoia che, assoggetta pure la Contea di Tenda, fece di questo territorio della Liguria di Ponente un marchesato-podesteria del Ducato di Savoia; l'atto ufficiale di dedizione verso il duca fu compiuto dagli abitanti delle comunità il 3 gennaio 1577.

Fu Caterina d'Austria, moglie del duca Carlo Emanuele di Savoia e procuratrice generale, a cedere il Marchesato del Maro e il Contado di Prelà al marchese Gio Girolamo Doria nel gennaio 1590; nel 1605 il feudo di Borgomaro fu ereditato dal figlio Stefano Doria. Durante la guerra tra il ducato sabaudo e il Ducato di Mantova del 1614 le truppe spagnole, genovesi e napoletane riuscirono ad entrare nel territorio del Maro, dopo la conquista di Oneglia, e quindi conquistare il 30 gennaio 1615 il castello di Borgomaro dove si erano asserragliati i soldati del duca piemontese. Solamente nel 1618 il Regno di Spagna, con la pace di Pavia, restituì i feudi ai Savoia che eleggeranno questa parte dei loro domini al titolo di principato che fu assegnato ad Emanuele Filiberto.

Nuovi scontri a Borgomaro arrivarono con la guerra del 1625 tra il Ducato di Savoia e la Repubblica di Genova con i Genovesi che, conquistata la marina di Oneglia, facilmente e senza troppa resistenza entrarono nel feudo del Maro. Il castello, dove trovarono rifugio pure gli abitanti borgomaresi, capitolò rovinosamente dopo alcuni giorni con la cattura di ottanta soldati sabaudi e del loro comandante Luigi Bracco. La pace di Madrid del 1633 riportò Borgomaro tra i possedimenti del duca di Savoia.

Facente parte del Regno di Sardegna, i territori della valle del Maro e quindi anche la municipalità di Borgomaro confluirono tra il 1801 e il 1803 nella Repubblica Ligure andando a costituire il II cantone di Val di Maro nella Giurisdizione degli Ulivi. Annesso al Primo Impero francese, dal 13 giugno 1805 al 1814 il territorio venne inserito nel Dipartimento di Montenotte sotto l'arrondissement di Porto Maurizio.

Nuovamente inglobato nel Regno di Sardegna dal 1815, così come stabilito dal Congresso di Vienna del 1814, confluì nel Regno d'Italia dal 1861. Dal 1859 al 1927 il territorio fu compreso nel I mandamento omonimo del circondario di Porto Maurizio facente parte della provincia di Porto Maurizio e, con la sua costituzione, della successiva provincia di Imperia.

Al 1925 risale la soppressione dei comuni di Candeasco e Maro Castello e il conseguente accorpamento nel territorio di Borgomaro come frazioni; nel 1928 verranno accorpati i soppressi comuni di Aurigo, Conio, San Lazzaro Reale, Ville San Pietro e Ville San Sebastiano. Solamente Aurigo, nel 1954, acquisì nuovamente una propria indipendenza comunale da Borgomaro.

Dal 1973 al 31 dicembre 2008 ha fatto parte della Comunità montana dell'Olivo e, con le nuove disposizioni della Legge Regionale n° 24 del 4 luglio 2008, fino al 2011 della Comunità montana dell'Olivo e Alta Valle Arroscia.